17/8/2026
Un traitement antibiotique peut perturber le microbiote intestinal et entraîner une dysbiose. Découvrez ses conséquences et l’importance d’une sélection de probiotiques spécifique à chaque souche.
L’intestin humain abrite un écosystème microbien extrêmement diversifié, composé de bactéries, d’archées, de champignons, de virus et d’autres micro-organismes. Ensemble, ces communautés microbiennes interagissent entre elles et avec leur hôte, contribuant à différentes fonctions telles que la digestion, la production de métabolites microbiens, le maintien de la barrière intestinale et la modulation des réponses immunitaires.
Plutôt que de désigner la présence d’un micro-organisme particulier, la dysbiose correspond à une altération de la composition ou du fonctionnement de l’écosystème microbien par rapport à un état d’équilibre. Elle peut se traduire par une diminution de la diversité microbienne, une réduction des micro-organismes bénéfiques ou commensaux, une prolifération de micro-organismes potentiellement nocifs ou encore des modifications de l’activité métabolique microbienne.
De nombreux facteurs peuvent influencer le microbiote intestinal, notamment l’alimentation, l’âge, l’environnement, les maladies et les traitements médicamenteux. Les antibiotiques figurent parmi les facteurs perturbateurs les mieux documentés.
Les antibiotiques ont profondément transformé la médecine moderne. En ciblant les bactéries responsables d’infections, ils sauvent des millions de vies et restent des outils essentiels dans la pratique clinique. Cependant, leur action ne se limite pas aux bactéries pathogènes.
Des études menées chez l’être humain ont montré que l’exposition aux antibiotiques peut rapidement entraîner une dysbiose intestinale en réduisant l’abondance des populations bactériennes commensales et bénéfiques. L’ampleur de cette perturbation varie considérablement selon l’antibiotique utilisé, la durée et la dose du traitement, ainsi que la composition initiale du microbiote de chaque individu.
Lorsque l’écosystème intestinal est perturbé, plusieurs conséquences peuvent survenir.
L’exposition aux antibiotiques peut réduire la richesse et la diversité de la communauté microbienne intestinale. La diversité microbienne contribuant à la stabilité et à la résilience de l’écosystème, sa diminution peut affecter la capacité du microbiote à assurer ses fonctions habituelles.
Un microbiote intestinal équilibré contribue à la résistance à la colonisation, c’est-à-dire à la capacité collective des micro-organismes résidents à limiter l’implantation ou la prolifération excessive de micro-organismes potentiellement pathogènes, notamment par la compétition pour les nutriments et l’espace, la production de métabolites et les interactions avec l’hôte.
Lorsque les antibiotiques perturbent cet écosystème, cette résistance à la colonisation peut diminuer, créant ainsi des opportunités écologiques favorables au développement de micro-organismes opportunistes.
Un exemple cliniquement important est Clostridioides difficile (anciennement Clostridium difficile). L’exposition aux antibiotiques constitue un facteur de risque majeur d’infection à C. difficile, car la perturbation du microbiote intestinal résident peut réduire les barrières naturelles qui limitent habituellement sa prolifération.
La diarrhée est l’un des effets indésirables les plus connus associés à l’antibiothérapie. La diarrhée associée aux antibiotiques (DAA) peut résulter de plusieurs mécanismes, notamment de modifications de la composition et du métabolisme du microbiote. Dans une partie des cas, elle est associée à une infection à C. difficile.
Le microbiote intestinal participe à de nombreux processus métaboliques et immunitaires. Une perturbation importante des communautés microbiennes peut donc modifier la production de métabolites microbiens ainsi que les interactions entre le microbiote et l’hôte. Les effets précis dépendent de la nature et de la durée de la perturbation et font toujours l’objet de recherches actives.
Après l’arrêt du traitement, le microbiote tend souvent à se rapprocher de sa composition initiale, mais ce rétablissement n’est pas nécessairement immédiat ni complet. Les recherches ont mis en évidence une importante variabilité interindividuelle : certains taxons bactériens peuvent mettre davantage de temps à se rétablir et, dans certains cas, rester altérés pendant des périodes prolongées.
Comprendre comment les antibiotiques affectent le microbiote intestinal et comment certains probiotiques sélectionnés peuvent intervenir dans des situations spécifiques constitue un domaine de recherche important pour les scientifiques, les professionnels de santé et les développeurs de probiotiques.
Les probiotiques sont définis comme des micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantités adéquates, confèrent un bénéfice pour la santé de l’hôte. Leur rôle potentiel dans le contexte d’un traitement antibiotique a été largement étudié, notamment dans la prévention de la diarrhée associée aux antibiotiques.
Cependant, un principe essentiel doit être retenu : tous les probiotiques ne sont pas équivalents.
Les bénéfices démontrés pour un micro-organisme ou une souche spécifique, à une dose définie et pour une indication précise, ne peuvent pas être automatiquement extrapolés à un autre probiotique. L’identité de la souche, la formulation, la dose, la stabilité ainsi que les données cliniques disponibles sont autant de paramètres déterminants.
Cette approche spécifique à la souche se retrouve dans les recommandations cliniques. Par exemple, dans sa prise de position sur les troubles gastro-intestinaux pédiatriques, la Société européenne de gastroentérologie, hépatologie et nutrition pédiatriques (ESPGHAN) indique que, lorsque l’utilisation de probiotiques est envisagée pour prévenir la diarrhée associée aux antibiotiques chez les enfants présentant des facteurs de risque pertinents, les professionnels de santé peuvent recommander des doses élevées, au moins 5 milliards d’UFC/jour de Lacticaseibacillus rhamnosus GG, administrées dès le début du traitement antibiotique.
Cela ne signifie pas que tous les probiotiques peuvent prévenir la diarrhée associée aux antibiotiques, ni qu’ils doivent être utilisés de manière systématique. Cet exemple illustre pourquoi le choix d’un probiotique doit être associé au bénéfice recherché et étayé par des données scientifiques appropriées.
Pour les développeurs de probiotiques, comprendre les mécanismes biologiques à l’origine de l’effet recherché constitue une étape clé dans la sélection et le développement de la souche appropriée.
Selon le micro-organisme, les mécanismes étudiés peuvent notamment inclure la compétition avec d’autres micro-organismes, la production de composés antimicrobiens ou de métabolites, les interactions avec la barrière intestinale ainsi que la modulation des réponses immunitaires de l’hôte. Ces propriétés sont spécifiques à chaque souche et doivent être caractérisées à l’aide d’approches appropriées in vitro, précliniques et, lorsque cela est nécessaire, cliniques.
L’enjeu ne consiste donc pas simplement à ajouter « un probiotique » à une formulation. Il s’agit d’identifier une souche bien caractérisée, de la produire de manière constante et maîtrisée, de préserver sa viabilité et ses propriétés fonctionnelles tout au long de la production et de sa durée de conservation, et de relier la formulation finale aux données scientifiques pertinentes pour l’usage auquel elle est destinée.
La relation entre antibiotiques, dysbiose et microbiote intestinal met en évidence une réalité plus large du développement des probiotiques : la science microbienne et la performance industrielle doivent aller de pair.
Chez Bioprox Healthcare, nous associons plusieurs décennies d’expertise en fermentation à nos capacités de production de probiotiques et de postbiotiques afin d’accompagner nos partenaires tout au long du développement de leurs produits. De la production des souches et du développement des procédés jusqu’au changement d’échelle et à la fabrication des produits finis, notre approche CDMO vise à transformer des solutions microbiennes scientifiquement pertinentes en produits robustes et reproductibles.
Car lorsqu’il s’agit du microbiote, choisir le bon micro-organisme n’est que le début. Le produire de manière fiable, avec le niveau de qualité et les performances requises, est ce qui permet de transformer la science en un produit viable.
Cet article est destiné à fournir des informations à caractère scientifique et professionnel et ne constitue pas un avis médical. L’utilisation de probiotiques doit être évaluée en fonction du micro-organisme/de la souche, de la population cible, de la formulation, de la dose ainsi que des données cliniques et des réglementations applicables.
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